Tedavi için gittiği Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde 3 Temmuz’da gözaltı süreci uygulanan Hoşcoşkun, burada yaklaşık 2 hafta tedavi gördü.
Emniyetteki süreçlerinin akabinde adliyeye sevk edilen Hoşcoşkun, cumhuriyet savcısınca sorgulandı. Cumhuriyet savcısı, Hoşcoşkun’u, anlatımlarının faal pişmanlık kapsamında kâfi görülmemesi ve 2017 yılından bu yana firari olması nedeniyle tutuklanması talebiyle sulh ceza hakimliğine sevk etti.
Hakimlik de yine sözünü aldığı Hoşcoşkun’un “FETÖ silahlı terör örgütü üyeliği” cürmünden tutuklanmasına karar verdi.
Yükseköğretim Kurulunca 28 Şubat 2017’de Ege Üniversitesi’ndeki rektörlük vazifesinden açığa alınan Hoşcoşkun, 25 Ağustos’taki Kanun Kararında Kararname ile meslekten ihraç edilmişti. Hoşcoşkun hakkında 11 Eylül 2017’de FETÖ soruşturması kapsamında yakalama kararı çıkarılmıştı.